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Episode 18 :
Le choix de son destin
L'EVA-03 est en cours d'acheminement vers le Japon, et traverse un étrange orage durant son voyage. Chez Misato, celle-ci révèle à Shinji la vérité sur la destruction de l'EVA-04, et au moment de lui parler du fait que que Tôji pilôte, Kensuke arrive pour poser sa candidature à la tâche. Misato s'en va alors à la zone de test de l'EVA-03, en compagnie de Ritsuko, laissant les enfants sous la surveillance de Ryôji. A l'école, Tôji laisse tomber ses amis pour rester seul, et discute avec Rei. Il repense à sa réaction lorsqu'il a su que Shinji était un pilote.
La déléguée raccompagne Asuka chez elle, lui révélant qu'elle est amoureuse de Tôji, mais elle pense qu'il est attiré par Rei. Asuka la rassure alors aussitôt. Shinji, discutant avec celle-ci, n'arrive toujours pas à savoir qui est le pilote de l'EVA-03. Avant de dormir, le jeune garçon interroge Ryôji sur son père, mais il ne lui répond pas vraiment, préférant parler des relations homme-femme. Le test de l'EVA-03 est sur le point de commencer, et l'absence de Tôji inquiète la déléguée, tandis que Kensuke se prépare au spectacle. Le test commence, mais l'EVA se change tout à coup en Ange, faisant exploser la base.
La NERV aussitôt alertée, envoie les EVA stopper l'Ange. La direction des opérations est prise par le commandant Ikari. L'Entry-Plug de l'EVA-03 refuse de s'éjecter. Il est alors considéré comme le treizième Ange, et joue de son apparence pour étonner les pilotes des EVA. Asuka, au moment de révéler à Shinji qui pilote l'EVA-03, est stoppée par celui-ci. L'EVA-00 est alors ordonné de détruire l'Ange, mais Rei tarde et finit attaquée par celui-ci. Gendô décide donc l'amputation du bras de la machine, et puisque la connexion nerveuse est toujours active, blesse Rei.
Shinji doit alors combattre l'ennemi, mais un dilemme se présente à lui, Ikari ne souhaite pas tuer qui que ce soit, donc attaquer le pilote, mais doit pourtant exterminer les Anges. L'EVA-01 est étranglé par le monstre, mais le jeune homme refuse de se battre. Gendô décide alors d'activer l'Entry-Plug factice, laissant Shinji spectateur. Son appareil passe alors en mode Berserk, étranglant à son tour l'Ange, puis lui écrasant la tête, et le démembrant, laissant jaillir le sang partout autour de lui. Shinji et les membres de la NERV sont horrifiés par ce spectacle. L'EVA-01 attrape tout à coup l'Entry-Plug factice, et malgré les supplications de Shinji à son père, l'EVA détruit le Plug, déchirant tout confiance du troisième élu en son père. Ritsuko et Misato sont saines et sauves. Celle-ci contacte Shinji pour lui avouer l'horrible vérité : il vient de détruire la capsule où se trouvait Tôji. Mais heureusement, ce dernier est en vie.