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► Episode 17 : Le quatrième qualifié
Misato est intérrogée par les membres de la Seele, remplaçant Shinji, à propos de l'attaque du dernier Ange, et surtout en ce qui concerne la capture d'un EVA par un Ange. Tôji rend visite à sa sœur, et Rei discute avec Gendô. En classe, Kensuke est absent, parti voir des porte-avions. Au même moment, à la NERV, on apprend la disparition de la filiale etatsunienne de l'organisation. L'EVA-04, en construction dans ce complexe, a également disparu. Une seconde branche, aussi installée aux Etats-Unis, décide d'envoyer l'EVA-03 au Japon. Ritsuko et le commandant fixent l'Entry-Plug factice, censé remplacer les pilotes comme Rei. On apprend que le quatrième qualifié vient d'être découvert.
A l'école, Shinji et Asuka se disputent sur le déjeuner. Misato apprend à son tour l'existence du quatrième pilote, mais est troublée par rapport à son lien avec Shinji. Tôji est chargé d'apporter les cours à Ayanami par sa déléguée, secrètement amoureuse de lui, et se fait accompagner par Shinji. Rei n'est pas chez elle, mais celui-ci décide de rentrer quand même, pour ranger l'appartement et obtenir des remmerciements d'Ayanami, qu'elle n' jamais donné à personne, même pas à Gendô. Tôji fait remarquer à Shinji sa prise de confiance, ce qui n'est pas pour lui déplaire.
Le commandant Ikari et son vice-commandant se rendent au Geofront, discutant. Une mystérieuse septième construction qui devrait être le point final d'un projet est abordée, ainsi que les modifications des manuscrits de la Mer Morte. Au QG, Ryôji révèle à Misato que l'institut Marduk n'est qu'une façade pour la NERV. Il lui dit aussi de se renseigner sur un certain code 707, qui est aussi celui de l'école de Shinji, qui arrive justement. Il lui propose de l'accompagner à la surface pour lui montre son jardin secret, parlant du le plaisir et de la douleur. Shinji est alors rappelé pour un test d'harmonie.
Son score chute fortement, ce qui étonne Misato et Ritsuko. A l'école, Tôji est convoqué par la principale. En déjeunant avec Kensuke, ce dernier lui révèle les dernières actualités de la NERV, ce qu'il regrettera d'avoir fait. Suzuhara revient en cours en retard. Il reste d'ailleurs en classe plus tard, puisqu'il est de corvée. Sa déléguée lui propose de lui préparer à manger, pour qu'il évite d'acheter ses sandwiches à la cafétéria. Pendant ce temps, Asuka va voir Ryôji à son travail, apercevant par hasard un quatrième taux de synchro, ainsi que le nom du pilote à qui il correspond. Tôji reste pensif...