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► Episode 19 : La guerre d'un homme
De retour au QG de la NERV, Shinji refuse de sortir de l'EVA tant que son père refusera de l'écouter, allant jusqu'à menacer de détruire le Central Dogma. Devant l'obstination du pilote, le commandant décide de le forcer à sortir, en augmentant la pression du LCL. Misato et Ritsuko discutent des dégâts et de la situtation de Shinji, tout comme Rei et Asuka. A l'hôpital, Tôji aperçoit son ami allongé tout comme lui dans un lit. Puis dans un train imaginaire, il regarde Ayanami et Shinji se disputer à propos du commandant. A son réveil, il reçoit la visite de la déléguée, qui s'inquiétait pour lui, même si elle le cache.
Shinji, emprisonné à la NERV, est amené devant son père pour lui annoncer qu'il refuse de piloter à nouveau un EVA, et décide de retourner chez son tuteur. Kensuke l'appelle chez lui, pour esssayer de le faire revenir sur sa décision, mais il ne répond pas, et la communication est coupée par la NERV. Misato accompagne Shinji à la gare, tout en essayant de le persuader de rentrer. Elle lui apprend aussi que tous les élèves de sa classe sont des élus potentiels. C'est alors qu'un nouvel Ange est détecté.
Le monstre transperce à une vitesse folle les protections, obligeant la NERV à opérer dans le Geofront et non en surface. L'EVA-02 est envoyé au front, et Rei introduite dans l'EVA-01, à cause du mauvais état de son appareil assigné, mais celui-ci, contre toute attente, la refuse. Elle décide alors de prendre alors l'EVA-00. De son côté Asuka se montre impuissante, et est écrasée par un Ange surpuissant. La tête de l'EVA-02 tombe devant l'abri de Shinji, qui décide de sortir. L'Entry-Plug factice est refusé par l'EVA-01 à son tour. L'ex-pilote croise Ryôji cultivant son jardin, après avoir été viré de son emploi. Pendant qu'à nouveau il essaie de persuader Shinji, Rei se lance dans une attaque suicide. Mais l'EVA-00 est gravement endommagé sans même effleurer le monstre.
Shinji décide alors de revenir au QG, implorant son père de le laisser piloter l'EVA-01. La cible atteint le Central Dogma, se retrouvant en face de toute l'équipe, mais avant de pouvoir tirer, elle est stoppé par le géant violet, qui la repousse hors du QG, au pris de son bras droit. Alors qu'il domine la situation, le mecha se retrouve sans énergie. L'Ange reprend l'avatage, arrachant le plastron de l'EVA, et révélant du même coup un noyau semblable à ceux des monstres : un Core. L'EVA se réveille alors, d'une activité bleue, se faisant pousser un bras droit humain. Shinji est synchronisé formidablement avec son hôte, qui met à terre l'Ange. Se déplaçant à quatre pattes, l'EVA achève son ennemi puis le dévore tel un fauve, déchiquetant son enveloppe, et poussant des cris de rage...