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Episode 21 :
NERV, la naissance
Ryôji appelle Misato et lui laisse un message. Le vice-commandant s'est fait enlever, et l'on présume qu'il est justement coupable, ce qui entraîne la suspicion des services de sécurité de la NERV envers Misato. Le professeur Fuyutsuki (le vice-commandant) se retrouve entouré par les membres de la Seele, qui souhaitent l'interroger. Ce dernier se remémore la création de la NERV. En 1999, Fuyutsuki reçoit Yui Ikari, alors étudiante à l'université, pour sa thèse : "le complexe S2". Celui-ci est considéré comme un blasphème par la Seele, qui doute du commandant de la NERV. En 1999, le professeur rencontre Gendô Ikari, alors encore appelé Rokobungi. Yui s'éprend de ce-lui, mais le vice-commandant n'approuve pas cette décision, pensant que les relations de Gendô avec la Seele sont l'objet de ses convoitises.
En 2000 survient le second impact, et en 2001 le monde n'est plus qu'un enfer. En 2002, Fuyutsuki se rend au pôle Sud, et retrouve Gendô qui lui fait part de son mariage avec Yui, et ainsi de son changement de nom. Un enfant est également né de leur union. Le professeur émet des doutes sur la Seele, ce qui ne perturbe pas Ikari. Misato, quant à elle, reste prisonnière des services de sécurité, se rappelant sa captivité après le second impact. Elle ne parlait plus, troublée par le choc émotionnel. Fuyutsuki s'interroge sur le géant de lumière aperçu au pôle Sud, alors que l'ONU déclarera, en 2003, qu'une météorite géante est la cause du second impact. Kil Lorenz, président de la Seele, serait l'auteur de cette masquarade. Enquêtant sur l'affaire, Fuyutsuki retrouve Gendô sur sa route, et le force à jouer cartes sur table, grâce aux preuves qu'il a réunies. Le professeur retrouve la mère de Ritsuko (scientifique elle aussi), qui construit le super-ordinateur Magi. L'EVA-00 est alors exposé au futur vice-commandant, qui est invité à rejoindre l'équipe.
Après s'être teint les cheveux, Ritsuko rencontre Misato, l'appréciant fortement. La construction de Tôkyô 3 commence. Misato sort alors Ryôji, même si Akagi ne l'apprécie guère. Le jeune Shinji est amené par sa mère dans ce que sera le futur QG de la NERV, pour assister à "une expérience interdite". Yui y trouvera la mort, à cause du professeur Akagi, ce qui causera le changement de personnalité de Gendô, ainsi que la découverte du "plan de complémentarité de l'homme". Ritsuko rejoint le Gehirn, où travaille sa mère. Elle aperçoit en secret cette dernière embrassant le commandant. Gendô emmène une jeune fille dont il s'occupe, du nom de Rei Ayanami, visiter le Geofront. Le professeur Akagi voit en elle Yui Ikari.
Ritsuko se voit expliquer le fonctionnement de Magi par sa mère, et lui annonce le retour de Misato, qui va intégrer le Gehirn, et qui a rompu avec Ryôji. Elle s'en va rejoindre son amie, et sa mère rencontre Rei. Celle-ci l'insulte, en lui répétant ce qu'à dit le commandant ("t'es une vieille"), bleassant profondément Akagi, qui l'étrangle, puis se fait tirer dessus. Le Gehirn deviendra la NERV. De retour à notre époque, Kaji libère le vice-commandant. Misato est relâchée. Ryôji, alors qu'il attend quelqu'un, se fait assassiner. Katsuragi, aperçoit le message de son ami, qui lui explique qu'il l'aimait, et lui demande de l'excuser de la quitter. Misato s'effondre en larmes, mais Shinji, qui écoutait de la musique, se sent impuissant dans ce genre de situtation, à cause de son jeune âge...