Le protagoniste n'est pas forcément toujorus un "ado". Jeune, c'est certain (quoique dans CCA, Amuro et Char sont bien des adultes, en dépit de leur rivalité légèrement puérile). Par exemple, Koh Uraki (0083) et Shiro Amada (08th MS Team) sont de jeunes soldats, mais plus des ados.
D'un autre côté, Al (0080) et Uso (V Gundam) sont encore des enfants.
Pour les séries où ce sont bien des adolescents qui sont utilisés, il n'y a pas à tergiverser, c'est uniquement pour capter du public et renforcer l'identification (y'a qu'à voir la profusion d'ados dans SEED et GSD ; et bien que Kira soit déjà sur les berges de l'âge adulte, il n'apparît pas en tant que tel dans Destiny).
Par contre, l'utilisation d'enfants en tant que héros est, à mon humble avis, un moyen de souligner la vanité de la guerre et surtout les atrocs souffrances qu'elle peut semer. Al voit deux de ses amis s'entretuer, Uso tient dans se bras la tête arrachée de sa mère dans un casque, etc.
Pour les héros "jeunes adultes", on garde l'avatage de la jeunesse des ados, et on gagne un relatif réalisme. Enfin, tout ça n'est que mon opinion.
Ensuite, pour les poncifs de Gundam, je crois qu'il faut aller chercher dans les guerres de civilisations, parfois mêlées de luttes des générations/races (Coordinateurs/Naturels, Moonrace/Terriens, New-Type/Old-Type), des situations non-manichéennes, des personnages qui évoluent, changent au gré des épreuves qu'ils traversent. Et la liste ne s'arrête pas là...